口腔內部的情況與全身健康之間究竟有什么樣的確切關系呢？口腔中隱藏的幾百萬的細菌（超過了人體的細胞總數）及其引起的繼發炎癥是罪魁禍首。這些微生物形成復雜粘著的菌落斑塊。這些被微生物學家稱作“菌斑”的極難清除的斑塊，包含抵抗力強的、珊瑚礁樣的結構，它們堆積在齦線和牙齒間。

 口腔中大約500種細菌中的一些細菌是有害的菌叢，可以引起牙齦炎和感染牙齦。這種情況下免疫系統會介入來戰勝這些入侵者，此時牙齦開始產生炎癥，而且刷牙時可能出血。有趣的是，如果這樣的感染出現在臂部或身體的其它部位，人們毫無疑問要找醫生進行治療，但是人們卻往往對出血和腫痛的牙齦放任自流。如果不經治療，這種腫痛會發展成為全面的牙周炎癥，而且免疫系統開始顯示其不利的一面。這種逐漸發展的炎癥使牙齦形成潰瘍，最終破壞固定牙齒的軟組織和骨，并將炎癥物質輸送到全身。研究人員發現失去控制的炎癥可以引起一系列長期存在的、對健康危害極大的慢性疾病，包括血管栓塞、心肌梗死及關節炎和癌癥。這種炎癥關聯只是解釋慢性口腔疾病觸發或加重全身疾病機理的多種假設中的一種。

  另外，微生物的生態系統不會始終停留在口腔中。在發炎的牙齦組織中大量繁殖的有毒的細菌可以悄悄隨著進食和刷牙動作滲入血流到達身體的遠端部位。問題是，這些細菌是否可以在身體的其它部位定居并引起危害？目前已經知道有些有害細菌被吸入時可以引起肺炎，尤其是老年人。有些細菌可通過血管轉移到子宮，還有的細菌在胎盤中發現。